一般液氮罐使用一年后，要清洗消毒一次。清洗時要先用中性洗滌劑洗刷，再用不高于40℃的溫水沖洗干凈，將水排凈，用鼓風機吹干，待內膽充分干燥后，才可再充裝液氮。液氮罐內的液氮揮發完后，所剩遺漏物質(如冷凍精子)很快融化，變成液態物質而附在內膽上，會對鋁合金的內膽造成腐蝕，若形成空洞，液氮罐就會報廢，因此液氮罐內液氮耗盡后對罐子進行刷洗是十分必要的。
具體的刷洗辦法如下：首先把液氮罐內提筒取出，液氮移出，放置2—3天，待罐內溫度上升到0℃左右，再倒人30℃左右的溫水，用布擦洗。若發現個別融化物質粘在內膽底上，一定要細心洗刷干凈。然后再用清水沖洗數次，之后倒置液氮罐，放在室內安全不宜翻倒處，自然風干，或如前所述用鼓風機風干。注意在整個刷洗過程中，動作要輕慢，倒人水的溫度不可超過40℃，總重不要超過2kg為宜。
